W przypadku wydatków inwestycyjnych jednostkom samorządu terytorialnego, wykonującym zarówno czynności opodatkowane, jak i niepodlegające opodatkowaniu przysługuje prawo do pełnego odliczenia VAT. Wydawane przez organy podatkowe interpretacje wskazują jednak, że fiskus nie podziela takiego sposobu rozumienia przepisów. W takiej sytuacji jednostka ma możliwość zakwestionowania niekorzystnych postanowień.